K projektu výzkumu a vývoje, ke kterému se váže Oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu VaV (Avízo), je poplatník povinen zpracovat písemně tzv. Projektovou dokumentaci. V tomto dokumentu uvede oznámený název projektu VaV a vymezí činnost ve VaV. Projektová dokumentace musí být schválena osobou oprávněnou jednat za společnost, nejpozději ve lhůtě k podání řádného daňového přiznání za první zdaňovací období, za které poplatník náklady na projekt v odpočtu uplatní.
Název projektu v Projektové dokumentaci musí být zcela shodný s názvem projektu v odeslaném Oznámení.
Projektová dokumentace musí obsahovat:
- obchodní firmu nebo název poplatníka, jeho sídlo a daňové identifikační číslo.
- cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení.
- dobu řešení projektu (datum zahájení a datum ukončení řešení projektu).
- předpokládané výdaje v jednotlivých letech řešení projektu od roku, ve kterém bylo podáno oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje, a předpokládané celkové výdaje na řešení projektu.
- jména všech osob, které ode dne podání oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje odborně zajišťují nebo budou zajišťovat řešení projektu s uvedením jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k poplatníkovi
- způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků prováděných ode dne podání oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje.
- datum, jméno a příjmení oprávněné osoby, která Projektovou dokumentaci schválila.
Formální a obsahové zpracování jednotlivých kapitol je na poplatníkovi. Ovšem ustálená praxe finančních kontrol a judikatura z oblasti odpočtu určují nezbytné náležitosti a informace, které v těchto kapitolách a ve vzájemné souvislosti musí být uvedeny pro úspěšnou obhajobu odpočtu v případě kontroly.
Kvalitně a správně zpracovaná Projektová dokumentace je pro úspěšné obhajování odpočtu na VaV klíčovým dokumentem.
Poplatník prokazuje změny projektové dokumentace, ke kterým dojde po jejím schválení, evidencí změn (např. samostatný dokument), případně jiným způsobem (např. výpisem z interních systémů poplatníka, interní dokumentací, záznamy z účetnictví apod.). Přesná forma či podoba evidence změn není zákonem předepsána, fakticky se jedná o průběžnou dokumentaci běhu projektu v procesním a organizačním slova smyslu.