Mezi uplatnitelné náklady na výzkum a vývoj v odpočtu patří:
- Osobní výdaje na výzkumné a vývojové zaměstnance, akademické pracovníky, techniky a pomocný personál poplatníka, včetně zaměstnanců administrativních nebo dělnických profesí.
- Povinné zákonné odvody.
- Odpisy hmotného movitého majetku a nehmotného majetku.
- Výdaje na materiál, zásoby a drobný hmotný a nehmotný majetek.
- Výdaje na elektrickou energii, teplo, plyn, telekomunikační poplatky a vodné a stočné.
- Úplata u finančního leasingu hmotného movitého majetku.
- Cestovní náhrady poskytované zaměstnavatelem zaměstnancům.
- Služby a nehmotné výsledky výzkumu a vývoje, které jsou pořízené od veřejné vysoké školy nebo výzkumné organizace.
Odpočet nelze uplatnit na náklady vynaložené za externí služby a na nehmotné výsledky výzkumu a vývoje pořízené od jiných osob než od veřejné vysoké školy nebo výzkumné organizace. Odpočet nelze uplatnit na ty náklady výzkumu a vývoje, na které byla i jen z části poskytnuta podpora z veřejných zdrojů.
Poplatník je povinen stanovit vhodnou a průkaznou metodu výpočtu jednotlivých nákladů a celkového uplatňovaného odpočtu na VaV a také vést o nákladech oddělenou evidenci v členění na jednotlivé projekty a jednotlivé účetní případy. Tato evidence musí splňovat požadavek přehlednosti a prokazatelnosti oprávněnosti použití odpočtu.